W zasobach Biblioteki znajdują się ponadto kolekcje specjalne pozyskane w ostatnich latach:

• Archiwum Zofii Stęszewskiej (2000)
  • Materiały dotyczące tańców polskich z talulatur organowych, lutniowych i na zespoły instrumentalne z XVI-XVIII w.
• Archiwum Sekcji Bibliotek Muzycznych Stowarzyszenia Bibliotekarzy Polskich - Polskiej Grupy Narodowej IAML (2002)
  • Dokumenty gromadzone przez Marię Prokopowicz, współzałożycielkę i długoletnią przewodniczącą Sekcji Bibliotek Muzycznych Stowarzyszenia Bibliotekarzy Polskich. Archiwum, które obejmuje lata 1964-2001, stało się podstawą opracowania Kroniki Sekcji Bibliotek Muzycznych z okazji 40-lecia istnienia.
• Archiwum Dźwiękowe prof. Jerzego Szweykowskiego z Poznania (2003)
  • Zbiór zawierający ok. 2000 płyt gramofonowych, w tym ok. 100 starych płyt 78-obrotowych. Kolekcję charakteryzuje duża ilość nagrań muzyki dawnej, unikalne wykonania, koncertowe nagrania na taśmach. Uzupełnieniem archiwum jest kartoteka kompozytorów.
• Kolekcja prof. Alberta Dunniga (2004)
  • Prywatna Biblioteka prof. Alberta Dunninga, wybitnego holenderskiego muzykologa, profesora Universytetu w Cremonie, badacza muzyki dawnej. Zbiór zawiera 1076 książek, 262 druki muzyczne, 420 woluminy czasopism (67 tytułów). Zawartość zbioru jest dostępna w Katalogu on-line (wyszukiwanie: "według słów " - typ wyszukiwania: "wszystko" - termin: "Kolekcja prof. Alberta Dunninga" lub w indeksach wg sygnatur - termin: "Dunn").
• Biblioteka Nutowa Chóru Polskiego Radia w Krakowie (2005)
  • Materiały wykonawcze 920 utworów polskich i obcych, zawierające partytury oraz głosy orkiestrowe i chóralne w postaci rękopisów, odpisów i druków

RILM Abstracts of Music Literature, Naxos Music Library (Biblioteka Nagrań Muzycznych Naxos).
Ponadto wiele baz danych subskrybowanych przez Bibliotekę Jagiellońską, m.in.: JStor (Music Collections).